تدور أحداث مسلسل راس الافعى حول مستوحى من وقائع حقيقية، يتناول سلسلة من المطاردات والأحداث المشوقة، حيث يبرز دور قيادة مجموعة من ضباط الأمن الوطني في تعقب عناصر الجماعة الإرهابية (الإخوان) بهدف كشف مخططاتهم. .